Comme dans le premier opus, le joueur incarne Sam Fisher, l’homme de terrain d’une initiative top-secret de la N.S.A. (National Security Agency) baptisée Echelon 3. Le joueur devra effectuer des choix capitaux pour progresser et remplir ses missions, et se retrouvera en tant qu’être humain confronté à une situation tragique dominée par le contre-espionnage et le terrorisme.

Le joueur aura enfin la possibilité de jouer le rôle d’un mercenaire à la solde de Sadono ou d’un membre de la Shadownet Team de la N.S.A., dans un combat multijoueur en ligne sans merci où seules seront récompensées l’adresse et la maîtrise.